母猪配种后，胚胎死亡率可达40%。主要发生在配种后前2～3周当中。影响胚胎损失的因素包括妊娠阶段、疾病、母猪年龄、遗传、营养、外部环境、子宫内环境、应激等。下列防范措施在全年当中都是必须要格外注意的，然而在炎热季节里尤其重要：
避免发情后期授精最简单的办法是忽略授精母猪数的计划，完全根据静立反射的情况做授精。另一个办法是，分别确定断奶母猪、青年母猪和返情母猪的平均情期长度，依据这一些平均值对上一此授精过程的时间段进行缩减。例如，如果母猪正常的配种计划为上午上午 上午，可改为上午上午/下午。另外，授精之前可进行彻底的发情检查，以防人工授精时机不当，干扰子宫着床准备。
输卵管中授精发生后，猪胚会迅速降入子宫。然而，着床要等到授精后第12天才会发生，第18天胚胎才会与子宫完全结合。在此期间，母猪很容易受应激因素影响，例如：转群和不适温度。如果母猪需要混群，则应在断奶当日实施，以尽量减轻应激影响。配种后任何不必要的应激都可能会导致胚胎脱离子宫而损失。
配种结束当天以及第30天可以转移母猪，然而，配种后任何时间对母猪进行混群都会大幅度提升胚胎损失的风险。气温变化也易引起胚胎损失率的上升。应采取一定的措施避免不利的环境状况，避免妊娠前期出现不必要的应激。
对于青年母猪来说，在胚胎数和胚胎存活率方面，配种前的营养看起来比配种后的营养更重要。这要求在配种前的一个情期当中多给青年母猪补充营养。对经产母猪也一样能采取这种措施，但母猪断奶后多会自发地减少采食。然而，也有研究显示，配种后头30天里提高日粮水平对胚胎存活率有负面影响。这样的话，配种以后应给母猪和青年母猪维持水平或稍高于维持水平的日粮。对于解决热应激的问题，在日粮方面没什么特别的办法，只是尽量维持母猪每天的采食量(让母猪每顿能采食1.8～2.5公斤，视配方而定)。和哺乳阶段一样，在大多数情况下要采取适当措施来刺激母猪的食欲。
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